Helsedirektoratet har erfart at grensegangen mellom kontrollkommisjonens velferdskontroll og tilsynsmyndighetenes oppgaver tidvis kan fremstå som noe uklar:
Tilsynsmyndighetene er Statens helsetilsyn og statsforvalteren. Statens helsetilsyn har det overordnede faglige tilsynet med helse- og omsorgstjenesten. Statsforvalteren fører tilsyn med helse- og omsorgstjenesten i sitt fylke, og er da direkte underlagt Statens helsetilsyn, jf. helsetilsynsloven § 1. Tilsynsansvaret omfatter tilsyn med utførelsen av helse- og omsorgstjenester og hvordan helsepersonell utøver sin virksomhet. Når tilsynsmyndigheten mottar informasjon, for eksempel fra kontrollkommisjonen, som om alvorlige hendelser, skal tilsynsmyndigheten undersøke forholdene, og påse at eventuelle feil blir rettet opp, jf. Ot.prp. nr. 105 (2001-2002) kapittel. 3.2.
Det er tilsynsmyndighetene, ikke kontrollkommisjonen, som kan gi bindende pålegg om retting av forholdene når en virksomhet innen psykisk helsevern drives på en måte som kan ha skadelige følger for pasienter eller andre eller på annen måte er uforsvarlig, jf. helsetilsynsloven § 5.
Kontrollkommisjonen er, i den utstrekning det er mulig, tillagt et ansvar for å føre kontroll med pasientenes velferd på et mer generelt plan, jf. psykisk helsevernloven § 6-1 annet ledd. I lovforarbeidene heter det at kontrollkommisjonens velferdskontroll er en sekundær oppgave, for å hindre en sammenblanding med tilsynsmyndighetenes oppgaver. Ønsket om å unngå overlappende myndighetsområder er også bakgrunnen for at kontrollkommisjonen ikke har myndighet til å treffe bindende vedtak eller gi pålegg i saker vedrørende pasientens generelle velferd, jf. Ot.prp. nr. 11 (1998-99) s. 128 og 133. Avgrensningen i kontrollkommisjonens kompetanse kommer til uttrykk i forskriften § 63 tredje og fjerde ledd, hvor det står at kontrollkommisjonen bare skal «ta opp» forhold av betydning ved pasientens generelle velferd, og at kommisjonen har plikt til å varsle statsforvalteren «ved alvorlige forhold ved institusjonen».
Kontrollkommisjonen har heller ikke et ansvar for å følge opp om pasient- og brukerrettigheter generelt blir fulgt. Dersom kommisjonen blir kjent med slike brudd under klagesaksbehandling, velferdskontroll mv., vil det likevel være naturlig at kommisjonen melder fra om brudd til institusjonen, eventuelt til statsforvalteren i alvorlige tilfeller, eller gjør pasienten oppmerksom på sine klagemuligheter til statsforvalteren. Det er da tilsynsmyndighetene som må følge opp videre, dersom det er grunn til å tro at det drives uforsvarlige helsetjenester eller tjenesten ikke oppfyller lovpålagte krav.
I forbindelse med melding fra institusjon til Statens helsetilsyn ved selvmord eller selvmordsforsøk begått av pasient i det psykiske helsevernet, jf. spesialisthelsetjenestelovens § 3-3a, kan Statens helsetilsyn anmode kontrollkommisjonen om eventuell relevant informasjon som kan belyse saksforholdet bedre.