I henhold til de nasjonale kriteriene skal screeningprogrammet tilfredsstille kravene til kostnadseffektivitet. Søknadene om å inkludere nye sykdommer i screeningprogrammet inneholder derfor overslag over kostnader til nye instrumenter, service avtaler, reagenser og personalkostnader. Når HOD vedtar innføring av en ny sykdom i nyfødtscreeningprogrammet, er derfor hovedtrekkene i finansieringen avklart.
Gjennom dialog mellom de regionale RHFene utarbeider Nyfødtscreeningen detaljerte kostnadsoverslag og det avtales en endring i stykkprisen for hver prøve som analyseres.
Investeringer i nye instrumenter til Nyfødtscreeningen går ikke over helseforetakets investeringsbudsjett, men føres opp på unntakslisten i HSØ. Nyfødtscreeningen får finansieringsbevis og kan sammen med Sykehusinnkjøp HF starte anskaffelsesprosessene. Anskaffelsene ledes av Sykehusinnkjøp HF og inkluderer instrumenter, serviceavtaler og eventuelle større reagensavtaler (for IVDR-godkjente kit). Offentlige anskaffelser følger en systematisk metodikk og kan ta en god del tid.
Parallelt med anskaffelser må Nyfødtscreeningen rekruttere nytt personell, etablere nye logistikk og arbeidsflyt, gi nødvendig opplæring, etablere laboratorieprosedyrer, m.m.