Pasienter som innlegges ved infeksjonsmedisinske avdelinger, lider i mer enn 95 % av tilfellene av akutt sykdom som krever øyeblikkelig hjelp. De fleste pasientene som overlever, blir helt friske av sykdommen etter endt behandling. Planlagte innleggelser etter søknad fra primærhelsetjenesten gjelder et mindretall pasienter som i mange tilfeller kunne vært behandlet ved en infeksjonspoliklinikk. De fleste tilstandene som omfattes av prioriteringsveilederen, vil derfor som regel bli håndtert ved de infeksjonsmedisinske poliklinikkene og sjelden i sengeavdelingene.
Infeksjonssykdommer kan oppstå i alle organer. Infeksjonsmedisinfaget er derfor svært omfattende. Pasientenes helseproblemer er meget forskjellige alt etter hvilket organsystem som er rammet, og samarbeid med andre spesialister er viktig. Det er også viktig å utrede årsak til at infeksjonen oppstod, selv om behandling av de bakenforliggende sykdommene oftest hører til andre spesialiteter.
Mer enn 90 % av pasientene som søkes til elektiv vurdering av infeksjonsmedisiner, hører til kategoriene hiv-infeksjon, kronisk hepatitt C, kronisk hepatitt B og utredning av feber / høy CRP eller SR samt langvarig dårlig allmenntilstand. Pasientene med hiv-infeksjon, kronisk virushepatitt, tuberkulose og en rekke pasienter med mer sporadisk forekommende infeksjoner har allerede rett til helsehjelp gjennom smittevernloven. Behandlingen av kronisk virushepatitt endrer seg raskt, og det er sannsynlig at stadig flere pasienter med slik sykdom vil være aktuelle for antiviral behandling.
Det er få sykdomskategorier der pasientene følges opp av infeksjonsmedisiner i årevis. Et eksempel er kronisk immunsvikt, i første rekke hiv-infeksjon, men også forskjellige typer primær immunsvikt. Antallet hiv-pasienter er økende siden leveutsiktene for disse pasientene er gode med dagens behandling, og antallet nydiagnostiserte er større enn antallet som dør med sykdommen. Pasienter med iatrogen immunsvikt er også en gruppe som øker i antall, og her er det nødvendig med et tett samarbeid mellom infeksjonsmedisin og de som håndterer pasientens primære lidelse.
Tropesykdommer og andre importerte sykdommer er en utfordrende del av infeksjonsmedisinen. Økende reisevirksomhet og innvandring har gjort slike sykdommer mer alminnelige. Epidemier i andre deler av verden øker behovet for infeksjonsmedisinsk beredskap også i Norge.
Profylaktisk infeksjonsmedisin håndteres i første rekke av helsestasjoner, primærleger, smittevernleger i kommunene og reisemedisinske poliklinikker. I noen tilfeller henvises disse pasientene også til infeksjonspoliklinikk, og i tilfeller der det er aktuelt med posteksposisjonsprofylakse og sanering av smittebærertilstander (for eksempel MRSA-bærere), vil infeksjonsmedisin som regel bli forespurt. Et godt samarbeid mellom infeksjonsmedisin og smittevernleger er nødvendig for å hindre spredning av smittsomme sykdommer.
Feber, lymfeknutesvulst eller høy SR/CRP av ukjent årsak er klassiske infeksjonsmedisinske problemstillinger, selv om årsaken ofte viser seg ikke å være en infeksjon. Her blir samarbeid med hematologer, onkologer og revmatologer ofte aktuelt.
De seinere årene har poliklinikkene også mottatt tallrike søknader om vurdering av pasienter med langvarige og sammensatte symptombilder uten objektive funn. Ofte er det reist spørsmål om kronisk utmattelsessyndrom, selv om dette neppe er en infeksjonssykdom. Patogenesen for tilstanden er utilstrekkelig kjent, og ingen infeksjonsmedisinsk oppfølging eller behandling er aktuell per i dag. Årsaken til at infeksjonspoliklinikkene får disse pasientene til vurdering, kan være at symptomdebut gjerne kommer i tilslutning til en infeksjon. Det kan diskuteres om det er riktig at denne pasientkategorien utredes av infeksjonsmedisin. Tilstanden omtales likevel i veilederen fordi infeksjonspoliklinikkene mottar så mange slike henvisninger.