EU og EØS-midlene
Norge har gjennom EØS-avtalen knyttet seg tett opp mot den helserelaterte politikken på EU-nivå. Utover det regelbundne er Norge involvert i helsesamarbeid på flere områder med EU (program, byrå, nettverk og felles tiltak). Helsedirektoratet er nasjonalt kontaktpunkt for EUs helseprogram og deltar i flere samarbeidsprosjekter (Joint Actions) i programmet. Samarbeid under EUs helseprogram gir mulighet for erfaringsutveksling og kompetanseoverføring som medfører gjensidig nytte for partene.
Under EØS-midlene er Helsedirektoratet i programperioden 2014–2021 (implementering til 2024) donorprogrampartner i Estland, Slovakia, Polen og Romania. EØS-midlene har to overordnede hovedmål: sosial og økonomisk utjevning i Europa, og styrket samarbeid og bilaterale bånd mellom Norge og mottakerlandene. Helsedirektoratets oppgave er å gi råd til mottakerland ved utforming og gjennomføring av programmene samt å legge til rette for nettverksbygging og kompetanseoverføring mellom aktører i Norge og mottakerlandene. Helsedirektoratet deltar også i flere prosjektsamarbeid under EØS-midlene.
Verdens helseorganisasjon (WHO)
I HODs internasjonale strategi for 2021-2025 understrekes behovet for et sterkt WHO, og at Norge bør støtte WHOs ledende og koordinerende rolle i internasjonalt helsearbeid. Direktoratets fagavdelinger bidrar med å utarbeide håndnotater for norsk instruks til deltakelse i WHOs styremøte, helseforsamling, og WHO EUROs regionalkomité. Direktoratet deltar vanligvis i Norges WHO-delegasjon.
Nordiske nettverk og samarbeid
HODs internasjonale strategi for 2021-2025 fremhever Norden som en sentral arena for å styrke kompetanse og konkurransekraft. Det påpekes også at arbeidet som utføres på nordisk nivå i økende grad er viktig for internasjonal deltakelse i det europeiske og globale samarbeidet. Helsedirektoratet deltar i flere nordiske samarbeidsprosjekter, blant annet nordisk merkevarestrategi for Nøkkelhullet, nordiske næringsstoffanbefalinger (NNR), nordisk statistikksamarbeid (NOMESKO og NOSOSKO), og beredskapssamarbeid (Svalbard-gruppen).