Øremerkede tilskudd gir vesentlig større administrativ ressursbruk enn rammefinansiering, både for de regionale odontologiske kompetansesentrene og fylkeskommunene i form av søknad om tilskudd og rapportering om bruken av tilskuddene i ettertid, og for helsemyndighetene i form av tilskuddsforvaltning.
Finansiering gjennom øremerkede tilskudd avhenger av de årlige budsjettprosessene og bevilgningene fra Stortinget. For fylkeskommunal tannhelsetjeneste og de regionale odontologiske kompetansesentrene kan det ha bidratt til usikkerhet knyttet til fremtidig finansiering. NTF trekker frem at tannhelsetjenesten har behov for forutsigbarhet for å bygge opp et robust tilbud.
En annen ulempe ved øremerkede tilskudd er at det kan medføre uheldige vridninger av lokale prioriteringer. I stedet for at de regionale odontologiske kompetansesentrene og fylkeskommunene bruker ressursene der de lokale behovene er størst, kan øremerking medføre at ressursene brukes der det finnes statlige øremerkede tilskudd. Øremerkede tilskudd kan også forhindre at fylkeskommunene og de regionale odontologiske kompetansesentrene bidrar med egne midler, men har en forventing om fullfinansiering fra statens side.