For å formalisere prosessen og ha planlagte milepæler er det utarbeidet et eksempel på protokoll for konvertering og bytte av EPJ. Det anbefales at databehandlingsansvarlig fører protokollen.
Underkapitlene er ikke fyllestgjørende, men inneholder viktige aktiviteter som virksomheten bør gjennomføre. Rekkefølgen av punktene kan variere avhengig av type konvertering eller bytte.