Når beslutning om behandling er tatt etter gjennomført utredning, skal pasienten settes opp til behandling innen de angitte forløpstider. På første behandlingsdag skal kode for behandling registreres. Dette gjelder både om behandlingen regnes som hovedbehandling, eller som neoadjuvant behandling. Ved overvåking uten behandling eller ingen behandling, skal registreringen av denne beslutningen kodes på dato for samtale med pasienten. Følgende koder skal benyttes:
| Kode | Kodebeskrivelse |
| A37FK | Behandling start – Kirurgisk behandling |
| A37FM | Behandling start – Medikamentell behandling |
| A37FS | Behandling start – Strålebehandling |
| A37FL | Behandling start – Symptomlindrende behandling |
| A37FO | Behandling start – Overvåking uten behandling |
| A37FI | Behandling start – Ingen behandling |
Dersom pakkeforløp avbrytes ved at pasienten ikke ønsker ytterligere utredning eller behandling/utredning eller behandling ønskes i utlandet eller ved privat klinikk (når denne ikke er en definert del av pakkeforløpet)/eller ved død skal avdelingen registrere:
| Kode | Kodebeskrivelse |
| A37X | Avslutning av pakkeforløp |
Koden registreres når det tas beslutning om at Pakkeforløp for skjoldbruskkjertelkreft avbrytes.