Forvaltningen av loven utøves i nært samarbeid med Miljø- landbruks- og fiskerimyndighetene.
I saker som reiser særlige etiske spørsmål skal det innhentes uttalelse fra Bioteknologinemnda, som har en rådgivende funksjon overfor direktoratet.
Med innesluttet bruk menes enhver arbeidsoperasjon hvor genmodifiserte organismer blir framstilt, dyrket, lagret, destruert eller brukt på annen måte, i et lukket system hvor det anvendes fysiske inneslutningstiltak, eventuelt i kombinasjon med andre særskilte inneslutningstiltak.
Formålet med inneslutningstiltakene er å begrense organismenes kontakt med mennesker og miljø slik at disse sikres et høyt nivå av sikkerhet.
All innesluttet bruk krever godkjenning eller melding til Helsedirektoratet. Også laboratorier og anlegg krever godkjenning.
Ved kombinasjonsbruk av genmodifiserte mikroorganismer, planter og eller dyr, skal inneslutningstiltakene fra de ulike forskriftene kombineres.
Alle laboratorier og anlegg for innesluttet bruk av GMO skal merkes med biologisk fareskilt og hvilke organismer som brukes.