Direktoratet er organisert rundt desse verksemdsområda: folkehelse, primærhelsetenester, spesialisthelsetenester, eHelse og IT, helseøkonomi og finansiering og administrasjon. Arbeidet på kvart av verksemdsområda til Helsedirektoratet skal gi samfunnsmessig effekt og gi visjonen «God helse og omsorg for alle» meining.