De ulike fagavdelingene tar selv standpunkt til eget internasjonalt arbeid, deltakelse i komiteer og prioriteringer i henhold til direktoratets planer og strategier. Avdeling global helse skal i første rekke bistå i det internasjonale arbeidet, og gjøre det enklere for eksterne samarbeidspartnere å forholde seg til direktoratet.
Samtidig er koordinert oppfølging av enkelte organisasjoner, avtaler og fagområder sentralt for Helsedirektoratet.
Helsedirektoratet og Norad har en samarbeidsavtale. Avtalen ble først inngått for perioden 2009—2011, og videre for perioden 2012—2014.
Hensikten med avtalen er å regulere samarbeidet mellom Helsedirektoratet og Norad for å bringe helsefaglig kompetanse inn i samspill med det bistandsfaglige arbeid som Norad er ansvarlig for. Temaene som avtalen prioriterer samsvarer med prioriteringene som til enhver tid er besluttet på departementsnivå i Norges globale helsesamarbeid.
Rammeavtale mellom Helsedirektoratet og Norad 2012—2014 (pdf)
Europarådet
Helsedirektoratet koordinerer Europarådsarbeidet på helsefeltet på vegne av Helse- og omsorgsdepartementet (HOD). Helsedirektoratet må sikre god koordinering av norsk representasjon på helseområdet i Europarådet. Helsearbeidet i Europarådet må sees i sammenheng med arbeidet som foregår i EU og i WHO.
I 2012 omorganiseres Europarådet. Dette innebærer blant annet at antall styringskomiteer reduseres og at helsekomiteen avvikles. Visse helseaspekter er foreslått ivaretatt under styringskomiteen for sosial tilhørighet.
OECD
Helse-og omsorgsdepartementet innehar de to faste plassene i OECD Health Committee. Komitéen møtes to ganger årlig for å diskutere nye eller pågående prosjekter i arbeidet med å få frem sammenlignbare data og kunnskap som kan brukes som beslutningsrunnlag i utforming av helsepolitikken. Helsedirektoratet gir innspill til sakene som blir behandlet i komiteen, og deltar etter behov.
OECD publiserer årlig sammenlignbare data om helsetjenester og utgir publikasjonen «Health at a Glance» hvert annet år. I tillegg initieres en rekke prosjekter, der Norge deltar med fagekspertise på enkelte områder. Et stort pågående prosjekt er Health Care Quality Indicator (HCQI) for utvikling av kvalitetsindikatorer. Dette blir organisert i flere undergrupper, med det overordnede ansvaret i Helsedirektoratet.
Samarbeid med norsk forvaltning
Avdeling global helse har direkte samarbeid med relevante avdelinger i Helse- og omsorgsdepartementet (HOD), Utenriksdepartementet (UD) og Norad.
Internasjonal statistikk
Helsedirektoratet skal holde oversikt over, og bidra til, rapportering av helse- og sosialdata til internasjonale databaser og organisasjoner, og sørge for at statistikk og analyser fra de samme databasene og organisasjonene blir tilgjengeliggjort.